Die Gesamtheit der Organismen, die den Bodenkörper als Lebensraum nutzen, bezeichnet man als Edaphon. Die Bodenlebewesen werden in Bodenflora (pflanzlich) und Bodenfauna (tierisch) unterschieden. Die Bodenflora besteht unter anderem aus Pilzen, Algen, Bakterien und Flechten. Zur Bodenfauna zählen verschiedene Tierarten wie Regenwürmer, Milben, Käfer und Amöben, aber auch Wirbeltiere wie zum Beispiel Maulwürfe. Das Edaphon übernimmt überaus wichtige Funktionen für das Ökosystem Boden. Der Boden wiederum beeinflusst alle weiteren Ökosysteme. Er ist Ausgangs- und Endpunkt des Lebens auf der Erde. Am Beispiel einer abgestorbenen Pflanze lässt sich die Zusammenarbeit der verschiedenen Bodenlebewesen beobachten. Als Erstes wird die tote Pflanze von grösseren Tieren wie zum Beispiel Mäusen zerkleinert. Die Pflanzenteile zerfallen durch Umwelteinflüsse und unter Mithilfe von Insekten, Bakterien und Pilzen zu immer kleineren Teilen. Ab einem bestimmten Zersetzungsgrad kann das organische Material von Regenwürmern und schliesslich von der Mikrofauna (Fadenwürmer, Ciliaten und Amöben) gefressen werden. "Es ist wohl wunderbar, wenn wir uns überlegen, dass die ganze Masse des oberflächlichen Humus durch die Körper der Regenwürmer hindurchgegangen ist und alle paar Jahre wiederum durch sie hindurchgehen wird. Man kann wohl bezweifeln, ob es noch viele andere Tiere gibt, welche eine so bedeutende Rolle in der Geschichte der Erde gespielt haben, wie diese niedrig organisierten Geschöpfe."
Charles Darvin (Naturforscher und Begründer der Evolutionstheorie)
Der Regenwurm spielt für die Bodenbildung eine Schlüsselrolle: Durch seine Wühltätigkeit sorgt er für eine Vermischung der verschiedenen Humusschichten und verbessert die Durchlüftung des Oberbodens. Wenn der Regenwurm organisches Material frisst, spielen sich in seinem Darm eine Vielzahl von chemischen Prozessen ab, die für einen fruchtbaren Boden sehr wichtig sind. Die im Wurmhumus in hoher Konzentration angereicherten Nährelemente wurden chemisch so verändert, dass sie von den Pflanzen direkt aufgenommen werden können. Viele nützliche Bakterien und Enzyme sind im Wurmhumus enthalten und wirken als Schutz vor Bodenkrankheiten. Mit Hilfe kalziumhaltiger Abscheidungen neutralisieren die Würmer alle aufgenommenen säurehaltigen Bodeninhaltsstoffe und sorgen so auf natürliche Weise für eine Bodenverbesserung.
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